淨池廟 清正公の御廟所 
清正公像 8.2ｍの高さ
天正１６年加藤清正公が肥後入国後、大阪より熊本城内に移したのが肥後本妙寺の始まりとされています。清正公逝去後、遺言により熊本城の天守閣と同じ高さの中尾山中腹に葬られました。その後、元和２年本妙寺も城内より現在の地へ移転されたそうです。
清正公の御廟所（淨池廟）は、真下に清正公が葬られており建物全体がお墓とのことです。
毎年７月２３日には頓写会（とんしゃえ）も行われており、多くの参詣者でにぎわいを見せます。頓写会は「頓（すみやか）に法華経（69384文字）を写経した法会」ということに由来しています。
清正公の御廟所の横には「論語猿」を祀ってあり、論語猿の頭をなでると勉強好きになるといわれ、ついつい頭を撫でたくなります。
毎年３月の最終土曜日には「本妙寺桜灯籠」が開催され、夜桜と本殿まで続く参道の数千にもおよぶ和紙灯篭が幻想的な一夜を醸し出しています。