甲佐町は熊本県のほぼ中央、熊本市の南方約２０キロに位置しています。町の中央を一級河川の緑川が流れており、その緑川が急峻な山間を抜け、平野が広がりを見せ始める右岸の丘陵地に甲佐神社はあります。
甲佐神社は阿蘇神社の二の宮と呼ばれ、健軍神社、郡浦（こうのうら）神社とともに阿蘇四社とされており、肥後南方の守護神として信仰されています。
甲佐神社には、熊本の武将・竹崎季長（たけざきすえなが）が奉納した「蒙古襲来絵詞（もうこしゅうらいえことば）」が所蔵されていました。
「蒙古襲来絵詞」は、鎌倉時代の元寇（げんこう）で竹崎季長が戦功を挙げた様子が描いてあり、当時の武士たちの姿や戦い方を知る上でとても貴重な資料となっています。明治時代に皇室に献上されて御物となり、現在に至っています。